Comptez les cellules et scorez l’IHC en interrogeant votre lame
Tapez une question sur l’image ouverte, par exemple « Quel pourcentage de noyaux est Ki67-positif dans cette région ? ». Un assistant IA planifie les étapes, et SlideScope exécute ses propres outils de comptage, de score IHC et de mesure sur votre ordinateur. Chaque nombre de la réponse provient de l’un de ces outils, avec les preuves pour le vérifier et un bouton qui recalcule les étapes sans IA. Usage de recherche uniquement.
Chaque nombre vient d’un outil localMode « Aucune image » : l’image reste sur votre ordinateurPreuves, recalcul et export
Comment fonctionne Ask Your Slide
Ouvrez l’image dans SlideScope sous Windows ou macOS : une lame entière, une pile confocale, une image de fluorescence ou tout autre format que SlideScope ouvre.
Posez votre question en langage courant. Si elle porte sur une zone précise, tracez d’abord une région ou zoomez sur le champ. Les réponses sont disponibles en 14 langues.
L’IA planifie, les outils locaux font le travail. L’assistant choisit les étapes (compter les noyaux, scorer le DAB, mesurer une région, trouver des hotspots), et SlideScope exécute chacune d’elles sur votre ordinateur. Vous voyez chaque action sur l’image, et chacune peut être annulée.
Lisez la réponse avec ses preuves. La réponse cite les vues exactes qu’elle a utilisées, sous la forme [R1], [R2], etc. : cliquez sur l’une d’elles pour revenir à cette vue. Les preuves listent chaque étape avec sa surface en pixels, son plan, ses paramètres et ses résultats, et la réponse indique ce qui a été envoyé.
Vérifiez, recalculez et exportez. Recalculer sans l’IA refait les mêmes étapes en local et vérifie que les nombres sont identiques. Exportez la réponse, l’enregistrement d’analyse et un paragraphe Méthodes, ou créez une figure avec une barre d’échelle.
Regardez une démo de 62 secondes enregistrée dans SlideScope 1.23 sur des images d’échantillon publiques (IHC BrdU de l’EPFL, CC BY 4.0 ; DAPI/GFP de czitools). Sans son.
Les questions que vous pouvez poser, et les outils qui y répondent
Ask Your Slide s’appuie sur les outils propres à SlideScope : comptage de noyaux, de cellules ou de particules (segmentation par apprentissage profond InstanSeg ou méthode classique), score IHC pour le DAB, statistiques de région, mesures calibrées, statistiques de saturation des canaux, recherche de hotspots, contours de régions, notes et commandes de la vue. Quelques exemples :
Vous demandez
Outils exécutés par SlideScope
Ce que vous obtenez
« Quel pourcentage de noyaux est Ki67-positif dans cette région ? »
Comptage des noyaux (InstanSeg), puis score IHC pour le DAB
Le pourcentage de positifs avec le nombre de noyaux comptés, et les contours sur l’image
« Donne-moi le H-score et le score d’Allred de la zone que j’ai tracée. »
Comptage des noyaux, score IHC avec des définitions compatibles QuPath
H-score, score d’Allred et pourcentage de positifs pour cette région
« Trouve les trois zones les plus denses et score le Ki67 dans chacune. »
Recherche de hotspots, contours des régions, comptage et score par région
Trois hotspots délimités, avec pour chacun la densité par mm², un z-score et un pourcentage Ki67
« Combien y a-t-il de cellules dans ce champ, et quelle est leur taille ? »
Comptage des cellules (InstanSeg ou méthode classique)
Un comptage et l’aire des objets, exportables en CSV et en GeoJSON
« Compare la densité DAPI de ces deux régions. »
Statistiques de région et comptage des noyaux pour chaque région
Surface, comptage et densité par mm², côte à côte
« Quel canal est le plus lumineux ici, et y a-t-il une saturation ? »
Statistiques de région, statistiques de saturation des canaux
L’intensité moyenne par canal et la fraction saturée de chacun
« Emmène-moi vers la zone GFP la plus lumineuse. »
Recherche de hotspots sur le canal GFP, puis déplacement de la vue
La vue zoomée sur cette zone, avec la région délimitée
« Quelle est la surface de cette région en µm², et quelle part est DAB-positive ? »
Mesure calibrée, statistiques de région
La surface en µm² et le pourcentage de surface DAB-positive
« Va au plan Z 12 et compte les noyaux. »
Déplacement de la vue (Z), comptage des noyaux
Le comptage sur ce plan, avec le plan consigné dans les preuves
« Ajoute une note avec ces chiffres. »
Ajout d’une note
Une note sur la lame, qui reste attachée à l’image
Aujourd’hui, Ask Your Slide répond sur l’image ouverte. Pour comparer des traitements sur de nombreuses images, utilisez les expériences de SlideScope Plus : une même recette de comptage sur chaque image, puis une comparaison avec le test statistique adapté. Interroger une expérience entière est prévu pour plus tard.
Chaque nombre vient d’un outil
Les modèles d’IA généralistes n’ont pas été conçus pour compter des objets en regardant une image (Haase, ChatGPT for Image Analysis, 2024) ; Ask Your Slide ne laisse donc jamais le modèle estimer un nombre. L’assistant décide seulement quels outils exécuter : chaque comptage, score, surface et intensité de la réponse est calculé par SlideScope sur votre ordinateur, et vous pouvez vérifier chacun d’eux :
Citations des vues. Chaque affirmation renvoie à la vue dont elle provient ([R1], [R2]). Cliquez dessus et SlideScope revient exactement à cette position, ce zoom et ce plan.
Preuves. Chaque étape, avec la surface analysée en pixels, le plan, les paramètres utilisés et les résultats.
Recalculer sans l’IA. Refait en local les étapes enregistrées, sans aucune IA, et vérifie que les nombres sont identiques.
Ce qui a été envoyé. La réponse indique exactement ce qui a quitté votre ordinateur pour cette question.
Visible et annulable. Les contours, les notes et les changements de vue apparaissent sur l’image au fur et à mesure, et chacun peut être annulé.
Une vraie réponse d’Ask Your Slide dans SlideScope 1.23 à la question « Quel % de noyaux est DAB-positif ici ? » (15,4 %) sur une coupe de duodénum de souris en IHC BrdU (EPFL, CC BY 4.0). Les noyaux sont délimités selon leur grade DAB, la réponse cite la vue utilisée sous la forme [R1], et les preuves montrent l’étape locale qui a produit chaque nombre, avec Recalculer sans l’IA, Exporter et Créer une figure.
Confidentiel par conception : ce qui est envoyé, exactement
L’analyse s’exécute sur votre ordinateur. La planification des étapes et la rédaction de la réponse sont confiées à un modèle d’IA dans le cloud, et un interrupteur du panneau Ask Your Slide, Envoyer les images des vues, décide s’il voit jamais une image.
Envoyer les images des vues
Ce qui est envoyé à l’IA dans le cloud
Ce qui ne quitte jamais votre ordinateur
Désactivé (« Aucune image »)
Votre question, quelques détails techniques (format, dimensions, canaux, taille de pixel) et les nombres calculés par les outils locaux
L’image et le fichier
Activé
La même chose, plus les vues que l’IA examine, compressées, chacune étant d’abord affichée sur votre écran
Le fichier et toute partie de l’image que l’IA n’examine pas
Vos questions et vos images ne servent pas à entraîner des modèles d’IA. Les examens médicaux comme le scanner et l’IRM sont refusés. Le fournisseur d’IA et les conditions complètes figurent dans la politique de confidentialité, et la page sur le traitement des données explique ce que le reste de SlideScope conserve sur votre ordinateur.
Des exports pour votre cahier de laboratoire, vos figures et vos Méthodes
answer.md : la réponse avec ses citations, prête à coller dans un cahier de laboratoire.
analysis_record.json : l’enregistrement complet des étapes, des paramètres et des résultats, celui-là même qu’utilise Recalculer sans l’IA.
Texte Méthodes : un paragraphe décrivant ce qui a été mesuré et comment, à adapter pour un manuscrit.
Sorties de Quantify : le tableau des objets en CSV, les contours en GeoJSON (ils s’ouvrent dans QuPath), des masques et une image annotée.
Créer une figure : une figure de la vue avec une barre d’échelle calibrée.
Les listes de contrôle de la communauté QUAREP-LiMi demandent aux auteurs de décrire leurs workflows d’analyse d’images et les détails de leurs figures, comme les barres d’échelle (Schmied et al., Nature Methods 2023). L’enregistrement et le texte Méthodes vous donnent les paramètres à rapporter.
Quelle est la précision du score automatisé du Ki67 et de l’IHC ?
Le score du Ki67 à l’œil est difficile à reproduire, et c’est la principale raison de confier le comptage à un outil :
Lorsque l’International Ki67 in Breast Cancer Working Group a soumis les 30 mêmes cancers du sein à 23 pathologistes de 12 pays, la concordance (ICC) a été de 0,87 avec la méthode de comptage global et de 0,83 avec le score par hot-spot, qui n’a pas atteint le critère de réussite de l’étude. Les lecteurs ne choisissaient pas toujours le même hot-spot sur une lame (Leung et al., Histopathology 2019).
Six pathologistes spécialisés en sénologie, scorant 57 lames Ki-67, n’ont atteint qu’une concordance modérée au seuil de 20 % (coefficients de 0,44 et 0,48 sur deux tours), et les auteurs ont conclu que l’analyse d’images numérique est nécessaire pour l’améliorer (Ai et al., Breast Cancer Research and Treatment 2024).
L’analyse d’images numérique est plus cohérente : quatre algorithmes QuPath construits indépendamment par quatre pathologistes, selon les recommandations du groupe de travail, ont concordé avec un algorithme de référence avec un ICC de 0,938 sur 157 cancers du sein ER-positifs (Boyaci et al., Biomolecules 2021).
Ces études portent sur le score manuel et automatisé du Ki67 en général ; elles n’ont pas testé SlideScope. Le score IHC de SlideScope suit les définitions de QuPath (seuils de densité optique DAB de 0,2 ; 0,4 et 0,6 pour 1+, 2+ et 3+), et sa quantification locale a été comparée à QuPath 0.7.0 sur les mêmes lames. La recherche de hotspots est un calcul de densité d’objets avec un z-score, pas un jugement : la même région et les mêmes réglages donnent les mêmes hotspots.
Comment contrôler une réponse
Regardez les contours sur l’image : noyaux manqués, voisins fusionnés et débris colorés se repèrent d’un coup d’œil.
Cliquez sur [R1] pour revenir à la vue exacte, zoomez, et comptez à la main un petit champ pour le comparer au nombre rapporté.
Ouvrez les preuves et vérifiez que le plan, la surface de la région et les paramètres sont bien ceux que vous vouliez.
Vérifiez la saturation avant de vous fier aux intensités : demandez quels canaux sont saturés dans la même région.
Cliquez sur Recalculer sans l’IA et conservez l’enregistrement d’analyse avec vos données.
Ask Your Slide, un chatbot généraliste, des scripts ou un copilote d’entreprise
Ask Your Slide
Téléverser une image dans un chatbot généraliste
Écrire des scripts QuPath ou Fiji
Copilotes de pathologie pour entreprises
D’où viennent les nombres
Des outils locaux de SlideScope, avec les paramètres affichés
Du modèle, ou du code qu’il écrit pendant la conversation
De votre script, exécuté par QuPath ou Fiji
Des modèles du fournisseur, sur son infrastructure
Où va l’image
Reste sur votre ordinateur en mode « Aucune image » ; sinon, des vues compressées que vous voyez d’abord
Téléversée sur les serveurs du chatbot
Reste sur votre ordinateur
Hébergée sur l’infrastructure du fournisseur
Vérifier et reproduire un résultat
Preuves pour chaque étape ; Recalculer sans l’IA vérifie que les nombres sont identiques
Reposer la question peut donner une autre réponse
Reproductible si vous conservez le script et les versions
Dépend du fournisseur
Mise en place
Installer SlideScope et poser la question
Aucune, mais vous devez d’abord exporter une image que le chatbot sait lire
Apprendre l’API de script et déboguer le code, y compris celui qu’un chatbot écrit pour vous
Un contrat institutionnel et un déploiement
Formats de lames entières et de microscopes
CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, DICOM et environ 39 formats
En général, uniquement les formats d’image courants
Large, grâce à Bio-Formats et OpenSlide
Les formats que le système du fournisseur accepte
Idéal pour
Comptages standard, scores IHC et valeurs par région sans code, avec un enregistrement à présenter
Ask Your Slide fonctionne sur les images que SlideScope ouvre : CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, images de lames entières DICOM et environ 39 formats au total, des lames entières en fond clair à la fluorescence multicanal avec Z, temps et scènes. La liste complète se trouve sur la page de compatibilité des fichiers. Les réponses sont disponibles en 14 langues, et l’interface de l’application en 10.
Qui a accès à Ask Your Slide
Ask Your Slide fait partie de SlideScope depuis la version 1.23.0, sous Windows et macOS. Il est inclus dans les formules SlideScope payantes, dans des limites d’usage raisonnable de l’IA ; les formules Plus ont des limites plus élevées. La comparaison de traitements sur toute une expérience est déjà disponible dans SlideScope Plus, avec les expériences ; interroger une expérience entière est prévu pour plus tard. Avec un compte SlideScope gratuit, vous pouvez essayer Ask Your Slide sur les lames d’échantillon gratuites, à raison de trois questions par jour ; pour interroger vos propres images, il faut un abonnement. Les prix actuels figurent sur la page des formules.
Questions sur Ask Your Slide
ChatGPT peut-il compter les cellules d’une image de microscopie ?
Pas de manière fiable à lui seul. Un chatbot généraliste répond à partir de l’image que vous téléversez, ou du code qu’il écrit dans cette conversation : la méthode peut donc changer d’une conversation à l’autre, et une capture d’écran ne contient aucune taille de pixel. Un exposé de 2024 sur les chatbots pour l’analyse d’images rappelle que les modèles de langage n’ont pas été conçus pour compter des objets dans des images. Ask Your Slide fonctionne autrement : l’IA se contente de planifier les étapes, les outils de comptage propres à SlideScope produisent chaque nombre sur votre ordinateur, et Recalculer sans l’IA les recalcule.
Mes images sont-elles envoyées dans le cloud ?
Pas avec Envoyer les images des vues désactivé (« Aucune image ») : l’image ne quitte jamais votre ordinateur, et seuls votre question, quelques détails techniques (format, dimensions, canaux, taille de pixel) et les nombres calculés sont envoyés à l’IA dans le cloud. Avec l’interrupteur activé, les vues que l’IA examine sont aussi envoyées, compressées, et chacune est d’abord affichée sur votre écran. Vos données ne servent pas à entraîner des modèles d’IA.
Ask Your Slide est-il un outil de diagnostic ?
Non. Ask Your Slide est réservé à la recherche et ne constitue pas un diagnostic médical. Il refuse les examens médicaux comme le scanner et l’IRM, et ses réponses rapportent des mesures, pas des diagnostics ni des grades.
Quelle est la précision du score automatisé du Ki67 par rapport au score manuel ?
Le score manuel du Ki67 varie d’un lecteur à l’autre : dans une étude internationale, 23 pathologistes ont atteint un ICC de 0,87 avec le score global et de 0,83 avec le score par hot-spot. L’analyse d’images numérique est plus cohérente : quatre algorithmes QuPath construits indépendamment ont concordé avec une référence avec un ICC de 0,938. Les comptages automatisés doivent tout de même être vérifiés : regardez les contours, comparez un petit champ à un comptage manuel et conservez l’enregistrement des preuves.
Ask Your Slide est-il une application gratuite de score du Ki67 ?
Non. Ask Your Slide est inclus dans les formules SlideScope payantes, dans des limites d’usage raisonnable de l’IA, avec des limites plus élevées dans Plus. Avec un compte gratuit, vous pouvez poser trois questions par jour sur les lames d’échantillon intégrées, qui donnent aussi accès à tous les outils locaux ; les prix actuels figurent sur la page des formules.
Puis-je recalculer ou exporter le résultat ?
Oui. Recalculer sans l’IA refait les étapes enregistrées sur votre ordinateur et vérifie que les nombres sont identiques. L’export enregistre answer.md, analysis_record.json et un paragraphe Méthodes, ainsi que le CSV des objets, les contours GeoJSON, les masques et une image annotée, et Créer une figure ajoute une barre d’échelle.
Avec quels formats de fichiers fonctionne-t-il ?
Les formats que SlideScope ouvre : CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, OME-TIFF, images de lames entières DICOM et environ 39 formats au total. Les examens médicaux comme le scanner et l’IRM sont refusés.
En quoi est-ce différent de QuPath ou d’ImageJ ?
QuPath et ImageJ sont gratuits, scriptables et adaptés aux pipelines sur mesure et aux classificateurs entraînés. Ask Your Slide répond aux questions courantes (comptages, pourcentage de positifs, H-score, Allred, statistiques de région, hotspots) sans écrire de script, dans la visionneuse où l’image est déjà ouverte. Son score IHC utilise des définitions compatibles QuPath, et ses contours GeoJSON s’ouvrent dans QuPath.
Ask Your Slide fonctionne-t-il hors ligne ?
Poser une question nécessite une connexion Internet, car une IA dans le cloud planifie les étapes et rédige la réponse. Le comptage, le score et les mesures eux-mêmes s’exécutent sur votre ordinateur.
Puis-je interroger une expérience entière ?
Pas encore par une question : Ask Your Slide répond sur l’image ouverte. Pour comparer dès aujourd’hui des traitements sur de nombreuses images, utilisez les expériences de SlideScope Plus, qui appliquent une même recette de comptage à chaque image et comparent les traitements avec le test statistique adapté. Interroger une expérience entière est prévu dans Plus pour plus tard.
Idéal pour : les chercheurs, les plateformes techniques et les étudiants qui ont besoin de comptages standard, de scores Ki67 ou IHC et de mesures de régions sur des images de microscopie et de lames sans écrire de scripts, avec un enregistrement à présenter.
Points forts : chaque nombre provient d’un outil local, des citations qui renvoient à la vue exacte, Recalculer sans l’IA, un mode « Aucune image », des exports pour le cahier de laboratoire et les Méthodes, environ 39 formats et des réponses en 14 langues.
Limite importante : réservé à la recherche, ce n’est pas un diagnostic ; il répond sur l’image ouverte, et poser une question nécessite une connexion Internet.
Dernière révision : 6 novembre 2026.
Interrogez vos propres lames
Téléchargez SlideScope, explorez la bibliothèque d’échantillons gratuite, et abonnez-vous (PayPal ou carte, facturé dès la souscription, résiliable à tout moment depuis votre compte) pour utiliser Ask Your Slide sur vos propres images à partir de la version 1.23.0.
![Réponse d’Ask Your Slide de SlideScope sur une coupe colorée au DAB : 15,4 % de 577 noyaux DAB-positifs, H-score 20,1, Allred 4, 910 noyaux positifs par millimètre carré avec une citation [R1], les noyaux scorés délimités sur l’image, et les preuves listant l’étape Quantify locale avec des liens vers Recalculer sans l’IA, Exporter et Créer une figure.](/assets/product-ask-your-slide.webp)