Ask Your Slide · SlideScope 1.23.0 起提供

向切片提问,即可计数细胞并完成 IHC 评分

针对当前打开的图像输入一个问题,例如“这个区域中 Ki67 阳性的细胞核占百分之多少?”AI 助手负责规划步骤,SlideScope 则在您的电脑上运行自己的计数、IHC 评分和测量工具。回答中的每个数字都来自其中某个工具,并附有可供核对的依据,还有一个不经 AI 重新执行这些步骤的按钮。仅供科研使用。

每个数字都来自本地工具 “不含图像”模式:图像始终留在您的电脑上 依据、重新计算与导出

Ask Your Slide 的工作方式

  1. 在 Windows 或 macOS 上的 SlideScope 中打开图像:全切片图像、共聚焦图像堆栈、荧光图像,或 SlideScope 支持的其他任一格式。
  2. 用日常语言提问。如果问题只涉及某个区域,请先框选该区域或缩放到相应视野。回答支持 14 种语言。
  3. AI 负责规划,本地工具负责执行。助手选择步骤(计数细胞核、DAB 评分、测量区域、查找热点),SlideScope 在您的电脑上逐一运行。每个操作都会显示在图像上,并且都可以撤销。
  4. 阅读回答及其依据。回答会以 [R1]、[R2] 等标注所用的确切视图:点击即可跳回该视图。“依据”列出每一步的像素面积、平面、参数和结果,回答还会显示发送了哪些内容。
  5. 核对、重新计算和导出。“不使用 AI 重新计算”会在本地重新执行相同的步骤,并检查数字是否完全一致。您可以导出回答、分析记录和一段方法文字,或制作带比例尺的插图。

观看一段 62 秒的演示,录制于 SlideScope 1.23,使用公开示例图像(EPFL BrdU IHC,CC BY 4.0;czitools DAPI/GFP)。无声音。

您可以提出的问题,以及回答这些问题的工具

Ask Your Slide 使用 SlideScope 自己的工具:细胞核、细胞或颗粒计数(InstanSeg 深度学习分割或经典方法)、DAB 的 IHC 评分、区域统计、校准测量、通道饱和度统计、热点查找、区域轮廓、笔记以及视图控制。以下是几个示例:

您的提问SlideScope 运行的工具您能得到什么
“这个区域中 Ki67 阳性的细胞核占百分之多少?”计数细胞核(InstanSeg),然后进行 DAB 的 IHC 评分阳性百分比及所计数的细胞核数量,并在图像上显示轮廓
“给出我圈出区域的 H-score 和 Allred 评分。”计数细胞核,采用与 QuPath 兼容的定义进行 IHC 评分该区域的 H-score、Allred 评分和阳性百分比
“找出细胞最密集的三个区域,并分别进行 Ki67 评分。”热点查找、圈出区域、逐区域计数和评分三个已圈出的热点,每个都给出每 mm² 密度、z 分数和 Ki67 百分比
“这个视野里有多少个细胞,它们有多大?”计数细胞(InstanSeg 或经典方法)计数结果和对象面积,可导出为 CSV 和 GeoJSON
“比较这两个区域的 DAPI 密度。”每个区域的区域统计和细胞核计数面积、计数和每 mm² 密度并排对比
“这里哪个通道最亮,有没有饱和?”区域统计、通道饱和度统计每个通道的平均强度及各自的饱和比例
“带我去 GFP 最亮的区域。”在 GFP 通道上查找热点,然后移动视图视图缩放到该区域,并圈出该区域
“这个区域的面积是多少 µm²,其中 DAB 阳性的部分占多少?”校准测量、区域统计以 µm² 表示的面积和 DAB 阳性面积百分比
“转到第 12 个 Z 平面并计数细胞核。”移动视图(Z)、计数细胞核该平面上的计数结果,所用平面记录在依据中
“用这些数字添加一条笔记。”添加笔记一条随图像保存的切片笔记

目前 Ask Your Slide 只回答关于当前打开图像的问题。若要在多张图像之间比较不同处理,请使用 SlideScope Plus 中的实验功能:用同一个计数配方处理每张图像,并用合适的统计检验进行比较。针对整个实验提问的功能计划稍后推出。

每个数字都来自工具

通用 AI 模型并不是为通过看图来计数对象而构建的(Haase, ChatGPT for Image Analysis, 2024),因此 Ask Your Slide 从不让模型估计数字。助手只决定运行哪些工具;回答中的每个计数、评分、面积和强度都由 SlideScope 在您的电脑上计算得出,而且每一项您都可以核对:

  • 指向视图的引用。每条陈述都指向其来源视图([R1]、[R2])。点击后,SlideScope 会回到完全相同的位置、缩放倍数和平面。
  • 依据。每一步都列出所分析区域的像素面积、平面、所用参数和结果。
  • 不使用 AI 重新计算。在本地重新计算已记录的步骤,全程不涉及 AI,并检查数字是否完全一致。
  • 发送了什么。回答会准确显示针对该问题有哪些内容离开了您的电脑。
  • 可见且可撤销。轮廓、笔记和视图变化会实时显示在图像上,并且每一项都可以撤销。
SlideScope 中 Ask Your Slide 对一张 DAB 染色切片的回答:577 个细胞核中 15.4% 为 DAB 阳性,H-score 20.1,Allred 4,每平方毫米 910 个阳性细胞核,并附 [R1] 引用;已评分的细胞核在图像上勾勒出轮廓,依据中列出本地 Quantify 步骤,并提供“不使用 AI 重新计算”、“导出”和“制作插图”链接。
SlideScope 1.23 中 Ask Your Slide 的一个真实回答,问题是“这里 DAB 阳性的细胞核占百分之多少?”(15.4%),图像为小鼠十二指肠的 BrdU IHC 切片(EPFL,CC BY 4.0)。细胞核按 DAB 分级勾勒轮廓,回答以 [R1] 引用所用视图,依据则显示产生每个数字的本地步骤,并提供“不使用 AI 重新计算”、“导出”和“制作插图”。

隐私优先的设计:究竟发送了什么

分析在您的电脑上运行。规划步骤和撰写回答由云端 AI 模型完成,而 Ask Your Slide 面板中的发送视图图像开关决定它是否会看到任何图片。

发送视图图像发送给云端 AI 的内容永远不会离开您电脑的内容
关闭(“不含图像”)您的问题、有限的技术信息(格式、尺寸、通道、像素尺寸),以及本地工具计算出的数字图像和文件
开启同上,另加 AI 查看的视图;每个视图都会先在您的屏幕上显示,并经过压缩文件,以及 AI 未查看的图像其余部分

您的问题和图像不会被用于训练 AI 模型。CT、MRI 等医学影像会被拒绝。AI 提供商和完整条款见隐私声明,数据处理页面则说明了 SlideScope 的其他部分会在您的电脑上保留哪些内容。

可用于实验记录、插图和方法部分的导出

  • answer.md:带引用的回答,可直接粘贴到实验记录本中。
  • analysis_record.json:步骤、参数和结果的完整记录,也就是“不使用 AI 重新计算”所用的同一份记录。
  • 方法文本:一段描述测量内容和测量方式的文字,可修改后用于稿件。
  • Quantify 输出:CSV 格式的对象表、GeoJSON 格式的轮廓(可在 QuPath 中打开)、掩膜以及带标注的图像。
  • 制作插图:带校准比例尺的视图插图。

QUAREP-LiMi 社区制定的报告清单要求作者报告图像分析流程以及比例尺等插图细节(Schmied et al., Nature Methods 2023)。分析记录和方法文本会提供您需要报告的参数。

自动 Ki67 和 IHC 评分的准确度如何?

肉眼进行 Ki67 评分很难重现,这正是让工具来计数的主要原因:

  • 国际乳腺癌 Ki67 工作组将同样的 30 例乳腺癌送交 12 个国家的 23 位病理医生评估,全局计数法的一致性(ICC)为 0.87,热点评分法为 0.83,后者未达到该研究的成功标准。不同阅片者在同一张切片上选出的热点也并不总是相同(Leung et al., Histopathology 2019)。
  • 六位乳腺病理亚专科医生对 57 张 Ki-67 切片进行评分,在 20% 临界值下仅达到中等一致性(两轮的系数分别为 0.44 和 0.48),作者认为需要借助数字图像分析来加以改善(Ai et al., Breast Cancer Research and Treatment 2024)。
  • 数字图像分析的一致性更高:四位病理医生按照该工作组的指南各自独立构建的四种 QuPath 算法,在 157 例 ER 阳性乳腺癌上与参考算法的一致性达到 ICC 0.938(Boyaci et al., Biomolecules 2021)。

这些研究描述的是一般意义上的人工和自动 Ki67 评分,并未测试 SlideScope。SlideScope 的 IHC 评分遵循 QuPath 的定义(DAB 光密度临界值 0.2、0.4 和 0.6 分别对应 1+、2+ 和 3+),其本地定量结果已在相同切片上与 QuPath 0.7.0 进行过对照检验。热点查找是基于对象密度和 z 分数的计算,而不是主观判断,因此相同的区域和设置总会得到相同的热点。

如何抽查一个回答

  1. 查看图像上的轮廓:漏检的细胞核、粘连的相邻细胞核以及被染色的碎屑一眼就能看出来。
  2. 点击 [R1] 回到完全相同的视图,放大后手动计数一个小视野,与报告的数字进行对照。
  3. 打开“依据”,确认平面、区域面积和参数都是您想要的。
  4. 在信任强度数值之前先检查饱和情况:针对同一区域询问哪些通道已饱和。
  5. 点击“不使用 AI 重新计算”,并将分析记录与您的数据一起保存。

Ask Your Slide、通用聊天机器人、编写脚本,还是企业级 AI 助手

Ask Your Slide将图像上传到通用聊天机器人编写 QuPath 或 Fiji 脚本企业级病理 AI 助手
数字从何而来SlideScope 的本地工具,并显示所用参数模型本身,或它在对话中编写的代码您的脚本,由 QuPath 或 Fiji 运行供应商在其平台上的模型
图像去向在“不含图像”模式下留在您的电脑上;否则只发送您先看过的压缩视图上传到聊天机器人的服务器始终保留在您的电脑上存放在供应商的平台上
核对和重复结果每一步都有依据;“不使用 AI 重新计算”检查数字是否完全一致再问一次可能得到不同的答案只要保留脚本和版本即可重复取决于平台
配置安装 SlideScope 即可提问无需配置,但要先导出聊天机器人能读取的图像学习脚本 API 并调试代码,包括聊天机器人为您编写的代码机构合同和部署
全切片和显微镜格式CZI、ND2、SVS、NDPI、MRXS、OME-TIFF、DICOM 等约 39 种格式通常仅支持常见图像格式范围广泛,借助 Bio-Formats 和 OpenSlide平台可导入的格式
最适合无需代码即可获得标准计数、IHC 评分和区域数值,并有可出示的记录快速描述一张图片定制分析流程和训练好的分类器大型临床研究项目

QuPath 和 Fiji 是免费的,仍然是定制化或脚本化分析的合适选择;请参阅如何在 ImageJ、QuPath 或 CellProfiler 中计数细胞。如果想用文字描述一个视图而不是测量它,请使用 AI Analysis。

格式与语言

Ask Your Slide 适用于 SlideScope 能打开的图像:CZI、ND2、SVS、NDPI、MRXS、OME-TIFF、DICOM 全切片图像等,共约 39 种格式,涵盖从明场全切片到带 Z 轴、时间序列和多场景的多通道荧光图像。完整列表见文件兼容性页面。回答支持 14 种语言,应用界面支持 10 种语言。

谁可以使用 Ask Your Slide

从 1.23.0 版起,Ask Your Slide 成为 Windows 和 macOS 版 SlideScope 的一部分。它包含在付费 SlideScope 方案中,在合理使用的 AI 限额内使用;Plus 方案的限额更高。目前,跨整个实验比较不同处理可通过 SlideScope Plus 的实验功能完成;针对整个实验提问的功能计划稍后推出。使用免费 SlideScope 账户,您可以在免费示例切片上试用 Ask Your Slide,每天三个问题;对您自己的图像提问需要订阅。当前价格请见方案页面。

关于 Ask Your Slide 的常见问题

ChatGPT 能计数显微镜图像中的细胞吗?

单靠它本身并不可靠。通用聊天机器人根据您上传的图片或它在该对话中编写的代码作答,因此方法可能每次对话都不同,而且截图不带像素尺寸。2024 年一场关于聊天机器人用于图像分析的研讨会报告指出,语言模型并不是为计数图像中的对象而构建的。Ask Your Slide 的工作方式不同:AI 只负责规划步骤,每个数字都由 SlideScope 自己的计数工具在您的电脑上得出,“不使用 AI 重新计算”还会重新计算这些数字。

我的图像会被发送到云端吗?

关闭“发送视图图像”(不含图像)时不会:图像绝不会离开您的电脑,只有您的问题、有限的技术信息(格式、尺寸、通道、像素尺寸)和计算出的数字会发送给云端 AI。打开该开关后,AI 查看的视图也会以压缩形式发送,并且每个视图都会先在您的屏幕上显示。您的数据不会被用于训练 AI 模型。

Ask Your Slide 是诊断工具吗?

不是。Ask Your Slide 仅供科研使用,不构成医学诊断。它会拒绝处理 CT、MRI 等医学影像,其回答报告的是测量结果,而不是诊断或分级。

与人工评分相比,自动 Ki67 评分的准确度如何?

人工 Ki67 评分因阅片者而异:在一项国际研究中,23 位病理医生采用全局评分时的 ICC 为 0.87,采用热点评分时为 0.83。数字图像分析的一致性更高:四种独立构建的 QuPath 算法与参考算法的一致性达到 ICC 0.938。自动计数仍需核对,因此请查看轮廓,将一个小视野与手动计数进行比较,并保留依据记录。

Ask Your Slide 是免费的 Ki67 评分应用吗?

不是。Ask Your Slide 包含在付费 SlideScope 方案中,在合理使用的 AI 限额内使用,Plus 的限额更高。使用免费账户,您每天可以就内置示例切片提出三个问题,这些示例切片也可使用所有本地工具;当前价格请见方案页面。

我可以重新计算或导出结果吗?

可以。“不使用 AI 重新计算”会在您的电脑上重新计算已记录的步骤,并检查数字是否完全一致。“导出”会保存 answer.md、analysis_record.json 和一段方法文字,以及对象 CSV、GeoJSON 轮廓、掩膜和带标注的图像;“制作插图”则会添加比例尺。

它支持哪些文件格式?

SlideScope 能打开的格式:CZI、ND2、SVS、NDPI、MRXS、OME-TIFF、DICOM 全切片图像等,共约 39 种格式。CT、MRI 等医学影像会被拒绝。

它和 QuPath 或 ImageJ 有什么不同?

QuPath 和 ImageJ 是免费、可编写脚本的工具,适合定制分析流程和训练分类器。Ask Your Slide 面向标准问题(计数、阳性百分比、H-score、Allred、区域统计、热点),无需编写脚本,而且就在已打开图像的查看器中完成。其 IHC 评分采用与 QuPath 兼容的定义,GeoJSON 轮廓也可在 QuPath 中打开。

Ask Your Slide 可以离线使用吗?

提问需要联网,因为规划步骤和撰写回答由云端 AI 完成。计数、评分和测量本身都在您的电脑上运行。

我可以针对整个实验提问吗?

目前还不能通过提问实现:Ask Your Slide 回答的是关于当前打开图像的问题。如果现在就想在多张图像之间比较不同处理,请使用 SlideScope Plus 中的实验功能,它会用同一个计数配方处理每张图像,并用合适的统计检验比较各处理组。针对整个实验提问的功能计划稍后在 Plus 中推出。

资料来源

快速解答

最适合:需要从显微镜和切片图像中获得标准计数、Ki67 或 IHC 评分以及区域测量结果、不想编写脚本,并希望有可出示记录的科研人员、核心设施和学生。

主要优势:每个数字都来自本地工具,引用可跳回确切视图,“不使用 AI 重新计算”,“不含图像”模式,可用于实验记录和方法部分的导出,约 39 种格式,以及 14 种回答语言。

重要限制:仅供科研使用,不构成诊断;只回答关于当前打开图像的问题,且提问需要联网。

最后审阅:2026 年 11 月 6 日。

向您自己的切片提问

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